O Serviço de Gastroenterologia do Hospital Universitário Clementino Fraga Filho (HUCFF/UFRJ) é o maior e mais equipado Centro de Endoscopia do Rio de janeiro, sendo referência na área e chegando a realizar 1100 exames por mês. Recentemente adquiriu uma série de novos equipamentos, possibilitando a execução de métodos avançados da especialidade. É um dos poucos Serviços Gastroenterologia do município a realizar a Ecoendoscopia, exame que reúne ultrasson e endoscopia, possibilitando o estudo de lesões de difícil diagnóstico. Além disso, disponibiliza exames endoscópicos para todos os pacientes da rede, oriundos inclusive de outras unidades de Saúde do Município.

A Unidade de Esôfago é o segmento que estuda os distúrbios de motilidade esofagiana, realiza exames específicos utilizando tecnologia moderna como Impedanciophmetria e Impedanciomanometria de alta resolução.
Por ser um hospital universitário – ligado à Universidade Federal do Rio de Janeiro UFRJ- o Hospital do Fundão oferta três vagas para Residência Médica de gastroenterologia por ano. Desenvolve pesquisas e atividades científicas nos mais variados temas dentro da especialidade, tais como estudos em doença inflamatória intestinal, acalásia, distúrbios de motilidade, doenças do pâncreas, entre outros.

Para ser atendido o paciente deve ir até a unidade de saúde mais próxima a sua residência e, caso ainda não tenha um pedido de exame, é necessário passar por uma consulta médica. Com o pedido em mãos, a unidade de saúde encaminha uma solicitação de agendamento à central de regulação que agenda o exame.